Para las personas que vendrán aquí en el futuro, el problema fue que estaba usando MongoDB 4.0 en el local y el servidor estaba en 4.2:
A partir de la versión 4.2, mongodump usa el formato Extended JSON v2.0 (Canonical) para los archivos de metadatos. Para analizar estos archivos para la restauración, use mongorestore versión 4.2+ que admita el formato Extended JSON v2.0 (modo canónico o relajado). Para obtener más información, consulte la sección "Formato de metadatos" en este:[docs.mongodb.com/manual/reference/ programa/mongodump][1]
fuente:https://dba.stackexchange.com/questions/250312/failed-to-restored-indexes-using-mongorestore-mongodb