Puede recompilar los módulos del núcleo con
/etc/init.d/vboxadd setup
De esa manera, no necesita reinstalarlos, solo reconstruya los módulos después de una actualización del kernel.
Ubuntu proporciona las utilidades para invitados de la edición de código abierto de Virtual Box. Hasta donde yo sé, no hay diferencia entre las dos ediciones en lo que respecta a las utilidades de invitados de Linux (por ejemplo, con una edición de código cerrado de VirtualBox, puede acceder a dispositivos USB desde un invitado de Linux incluso si la VM tiene la utilidades de invitado de código abierto).
Los paquetes son virtualbox-ose-guest-utils , virtualbox-ose-guest-x11 y virtualbox-ose-guest-dkms . Con ese último paquete instalado, los módulos del kernel necesarios se compilan automáticamente cuando actualiza el kernel.