Tengo el mismo problema al usar Xming y Eclipse. Para resolver este problema, puede editar manualmente Workspace/.metadata/.plugins/*/dialog_settings.xml
.
Puede encontrar un valor problemático haciendo algo como:
$ cd workspace/.metadata/.plugins
$ grep WIDTH */*.xml
or
$ grep HEIGHT */*.xml
Al hacer esto, puede encontrar fácilmente valores demasiado pequeños/grandes.
Creo que Xming es un gran trabajo, pero tengo una razón personal para no donar esto.
Parece que he encontrado una mejor solución para ello, hay una alternativa abierta a Xming llamada VcXsrv, que parece estar activa en este momento. Y sí, su última versión permite cambiar el tamaño de las ventanas secundarias sin problemas.