Utilice el --no-parent opción en wget:
--no-parent
Nunca ascienda al directorio principal al recuperar recursivamente. Esta es una opción útil, ya que garantiza que solo se descargarán los archivos por debajo de cierta jerarquía.
Intenta usar el -I opción para especificar el directorio a incluir en la descarga:
wget -r -I www.example.com/A/B/C,www.example.com/A/B/D