Creo que esto podría lograr lo que quieres.
Files->Preferences->Search&Preview:
Search -> Search in subfolders: -> Never
Parece que esta configuración provocaría la búsqueda solo en la carpeta actual.
O puede cambiar esta configuración en CLI:
gsettings set org.gnome.nautilus.preferences recursive-search 'never'
Por cierto, mi versión de Debian es amplia.
En resumen, ¡no puedes! Actualmente no con Debian de todos modos, la clave dconf ha sido eliminada.
Se ha marcado como un error durante los últimos dos años, por lo que no parece que nada vaya a cambiar a toda prisa.
La mejor opción es cambiar a nemo, derivado de gnome2 Nautilus, aún mantenido pero sin las nuevas y locas "características" que han agregado al mismo Nautilus.