Un par de razones:
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El esquema basado en BCrypt no está aprobado por NIST.
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Las funciones hash están diseñadas para este tipo de uso, mientras que Blowfish no lo estaba.
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La seguridad adicional de BCrypt se basa en que es computacionalmente costoso, en lugar del tipo de algoritmo. Confiar en operaciones computacionalmente costosas no es bueno para la seguridad a largo plazo.
Ver http://en.wikipedia.org/wiki/Crypt_%28Unix%29 para una discusión sobre esto.
OpenSUSE 11.4 (al menos) usa Bcrypt por defecto.