Puede usar las entradas en /proc para truncar dichos archivos.
# ls -l /proc/4315/fd
Eso mostrará todos los archivos abiertos por el proceso 4315. Ya has usado lsof y eso muestra que el archivo eliminado es el descriptor de archivo 135, por lo que puede liberar el espacio utilizado por ese archivo eliminado de la siguiente manera:
# > /proc/4315/fd/135
Lo mismo ocurre con el otro archivo eliminado abierto por el proceso 44654, ahí está el descriptor de archivo 133, entonces:
# > /proc/44654/fd/133
Ahora debería ver que el espacio está liberado.
También puede usar esto para copiar el contenido de un archivo que se eliminó pero aún está abierto por un proceso, solo cp /proc/XXX/fd/YY /some/other/place/filename .