Puedes usar ext2 . Soporte para ext2 ha existido en FreeBSD durante un tiempo y probablemente pueda considerarse estable. Por supuesto, es nativo en GNU/Linux como sabes.
También puedes usar ext3 pero sin diario ni atributos extendidos (use opciones de montaje en Linux /etc/fstab ), lo que aumentaría algunos límites.
Esto es probablemente mucho mejor que usar un fs que no sea nativo en ninguno de los dos sistemas, como NTFS y similares.
Fuente:https://www.freebsd.org/doc/handbook/filesystems-linux.html