Si su distribución tiene el TeXLive 2012 real (como Debian testing, por ejemplo), puede realizar una instalación completa con los paquetes oficiales, así como eliminar todos los texlive paquetes y hacer una nueva instalación en /usr/local siguiendo una de las opciones explicadas en el sitio web de TeX Users Group, ya que esto permite instalar/actualizar paquetes de TeX a través de su propio administrador de paquetes y configuración (tlmgr ) en lugar de apt-get o el administrador de paquetes de su distribución (rpm , etc).
Si su distribución todavía tiene una versión desactualizada como probablemente TeXLive 2009 en Ubuntu, sin tlmgr , es mejor la segunda opción, ya que hay cambios y mejoras importantes. (algunos ejemplos interesantes que puedes encontrar en este sitio no se pueden compilar con esa versión).
Mezclar archivos con los de una instalación de MiKTeX tiene todas las posibilidades de ser una fuente de problemas. Como se dice en esta respuesta, instale paquetes adicionales localmente (~/texmf ), siempre según el archivo readme, y cuando chequeaste en CTAN (por ejemplo) que el paquete no está en TeXLive y por lo tanto no puedes instalar con el administrador de paquetes de Linux (como apt-get ) o TeXLive (tlmgr ).
En resumen:¡No lo hagas!
TeXLive y MiKTeX son distribuciones de TeX diferentes con un administrador de paquetes diferente. Así que instale ambas distribuciones con su programa de instalación. Por ejemplo TeXLive usa perla que MikTeX no puede usar de la misma forma...
Si desea usar paquetes especiales en ambas distribuciones, puede crear un árbol texmf local, instalar los paquetes (siguiendo los archivos Léame) en su árbol texmf local y usar este árbol texmf local en ambas distribuciones.