A veces uso dos entornos de escritorio diferentes como Unity y Gnome Shell (comparando, probando, creando capturas de pantalla, etc.) pero Unity se ve mal usando el tema Adwaita, que es lo mismo que Gnome Shell y Ambiance. Cambiar cada vez es bastante complicado y, a veces (pero ahora con menos frecuencia que antes) falla (estoy usando Oneiric).
Respuesta aceptada:
Puede intentar crear un script que configure para ejecutarse en cada inicio donde reconoce qué DE está usando y cambia el tema en base a lo que está ejecutando