Al menos para los documentos creados directamente en Inkscape, Archivo> Exportar mapa de bits... funciona como se esperaba. Si el documento tiene un fondo transparente, el PNG exportado se vuelve transparente. Si era blanco, PNG se vuelve blanco.
Verifique Archivo> Propiedades del documento> Página> Fondo y verifique el canal aplpha (A). En la pestaña RGB, establezca todos los valores en 255, incluido A.
Comprobado con Inkscape 0.47 en Ubuntu Linux 10.04.
Si su problema ocurre solo en la conversión de archivos SVG creados en otro lugar (no en Inkscape), entonces necesita publicar ese archivo para que podamos probarlo.