Puede ser que, cuando inicie Linux, haya dejado Windows en un estado de suspensión/hibernación en lugar de apagarlo. (Windows10 es notoriamente resistente a cerrarse correctamente). Es posible que Windows mantenga parte del sistema de archivos en caché en la memoria (es decir, el archivo de la página) y no espera que algún otro sistema operativo haya modificado el disco.
Intenta averiguar cómo realmente cierra Windows.
Las versiones recientes de Windows incluyen optimizaciones de inicio que involucran el almacenamiento en caché de los datos del disco en un lugar diferente al mismo disco, lo que provoca el comportamiento que encontró cuando un sistema operativo diferente accede al disco.
Puede usar la política de grupo Desactivar arranque y reanudar optimizaciones (ubicado en Configuración de la computadora\Plantillas administrativas\Sistema\Disk NV Cache) que debería hacer que Windows solo almacene los archivos en su partición. También hay otras configuraciones de almacenamiento en caché no volátil disponibles, pero esa debería solucionar su problema.