El MOTD puede ser impreso por sshd , o por PAM. Es posible que ambos lo estén haciendo.
Revisa tu /etc/ssh/sshd_config por lo siguiente:
PrintMotd yes
Si esa línea no está presente, es posible que el valor predeterminado sea yes (aunque Debian/Ubuntu cambia el valor predeterminado a no ).
Comprueba la configuración de tu PAM en /etc/pam.d/ por lo siguiente:
session optional pam_motd.so
Intente deshabilitarlos uno a la vez para ver qué cambios.