¿Cómo mostrar el contenido del archivo de forma recursiva?

Puedes usar find (página man) para lograr esto:

find -name "*.java" -exec cat {} \;

También puede agregar un -print antes del -exec para imprimir el nombre del archivo antes de cada operación cat

find . -name "*.java" -print0 | xargs -0 cat 

shopt -s globstar
cat **/*.java >> all_course.txt

Ese archivo all_course será un poco complicado. Probablemente desee agregar algunos encabezados o pies de página:

for f in **/*.java; do
    echo "/* *********************************"
    echo " * $f"
    echo " * *********************************/"
    echo ""
    cat "$f"
    echo ""
    echo "/* *********************************"
    echo " * $f"
    echo " * *********************************/"
    echo ""
    echo ""
done > all_course.txt