En pocas palabras:
- Entre FAT y FAT32, simplemente elija FAT32.
- Entre NTFS y FAT32, si usa la unidad solo en Windows, use NTFS. En cualquier otro caso, utilice FAT32.
¿Por qué NTFS para Windows?
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NTFS (Sistema de archivos de nueva tecnología) fue introducido por Windows y ha sido compatible desde las primeras versiones de Windows. Así que se ha convertido en una especie de cosa de Windows.
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Es el sistema de archivos nativo para Windows NT, Windows 2000 y Windows XP.
- Permite la indexación, lo que mejora la búsqueda de archivos (principalmente, más rápido); provoca un ligero impacto en el rendimiento (puede apagarse).
- Tiene mejor seguridad, como el cifrado de archivos (no compatible con la edición de Windows XP Home) y las reglas de acceso por usuario (¡puede evitar que su esposa vea la carpeta de pornografía!)
- Admite cuotas de usuario (evita que los niños descarguen demasiados archivos MP3)
- Tiene compresión de archivos.
- Se registra, lo que reduce la pérdida de datos (ScanDisk al inicio es innecesario).
- Utiliza nombres de archivo Unicode (permite caracteres extranjeros y extendidos) y admite nombres de archivo largos de forma nativa.
- Admite archivos más grandes que FAT (más de 4 GB).
- Permite tamaños de volumen más grandes (más de 1 TB). Se habla de un límite teórico de 16 exabytes, y hasta 2 terabytes.
- Formato admitido en discos dinámicos (no hay discos dinámicos en Windows XP Home).
- Funciona bien con caché grande (sistemas de más de 96 MB).
- Rendimiento mejor en volúmenes ~20 GB y más.
- Es más eficiente en el uso del espacio en grandes volúmenes (más de 8 GB).
- Resistente a la fragmentación.
¿Por qué FAT32 para Linux?
- FAT32 funciona bien en casi todas partes. [FAT32 ni siquiera es el sistema de archivos predeterminado en Linux (a diferencia de NTFS y Windows)]
Windows formatea las unidades USB como NTFS de forma predeterminada, FAT es muy antiguo y el tipo de sistema de archivos que desea utilizar depende de sus necesidades.
NTFS
- Admite archivos de más de 4 GB
- Puede ejecutar Windows 8 en vivo
- UNetbootin no admite NTFS y se niega a utilizar unidades con formato NTFS.
FAT32
- Los archivos deben tener menos de 4 GB
- Linux Live funciona
Tenga en cuenta que puede tener varias particiones en su dispositivo USB y, por lo tanto, puede tener una partición NTFS y una FAT32.
Recomiendo usar UDF, que tiene aproximadamente las mismas ventajas que NTFS mencionado en la respuesta de @Hele. La principal razón para usar UDF en lugar de NTFS es la compatibilidad con OS X. OS X solo puede leer pero no escribir en particiones NTFS. UDF es compatible, de lectura y escritura, en Windows¹, OS X y Linux.
Para formatear una unidad como UDF, consulte:
- Uso de UDF en una unidad flash USB
- ¿Cómo formatear una unidad flash como UDF en Windows 7?
¹ Excepto Windows XP, que admite UDF de solo lectura